SUPERJP66 membuka game ketika pusat panggilan Kota 66 menerima beberapa laporan dalam waktu hampir bersamaan. Pemain hanya memiliki tiga superhero dengan kemampuan berbeda: satu mampu mengangkat benda berat, satu bergerak sangat cepat, sedangkan anggota lainnya dapat mencapai tempat tinggi. Setiap laporan harus diberikan kepada pahlawan yang kemampuannya sesuai dengan situasi di lokasi.

Aktivitas di Situs SUPERJP66 berkembang setelah papan kota menampilkan kejadian dari banyak kawasan sekaligus. Lift gedung dapat berhenti, kendaraan mogok menutup jalan, atau seekor hewan terjebak di atap bangunan. Pemain menentukan prioritas berdasarkan kebutuhan di lapangan sambil memperhitungkan anggota tim yang masih berada dalam perjalanan.

Markas superhero memperoleh fasilitas tambahan setelah tim menyelesaikan cukup banyak tugas. Ruang komunikasi mempercepat penerimaan laporan, hanggar menyediakan kendaraan khusus, sedangkan pusat latihan memungkinkan anggota mempelajari kemampuan pendukung. Perkembangan tersebut membuka operasi gabungan yang membutuhkan beberapa superhero bekerja pada lokasi yang sama dengan peran masing-masing.